Das Problem:

Nachdem ein Modul umbenannt wurde, wurden die mysql4-Skripte aus dem sql-Verzeichnis des Moduls nicht mehr geladen. In der core_resource-Tabelle wurden die entsprechenden Versionsnummern allerdings hochgezählt, als ob die mysql4-Skripte erfolgreich ausgeführt wurden.

Zwischen der funktionierenden Version und der nicht-funktionierenden lag lediglich eine Umbenennung des Moduls von Company_MyModule in Company_Mymodule. Alle Dateien in dem Modul hatten wir entsprechend angepasst, insbesondere die config.xml.

Die Lösung:

Unter app/code/local/etc/modules/Company_MyModule hatten wir  die Änderungen nicht nachgezogen:

<config>
 <modules>
 <Company_MyModule>
 <active>true</active>
 <codePool>local</codePool>
 </Company_MyModule>
 </modules>
 </config>

Ist alles wir folgt korrigiert, läuft alles wie es soll:

<config>
 <modules>
 <Company_Mymodule>
 <active>true</active>
 <codePool>local</codePool>
 </Company_Mymodule>
 </modules>
 </config>

Verwirrend war, dass das komplette Modul — davon abgesehen — lief. Folgerung: Man sollte beim Ändern der Groß- und Kleinschreibung von Modulen besonders vorsichtig sein, und das ganze Projekt und alle Dateinamen nach dem alten Namen durchsuchen.